Como parece mencionarse claramente en las Revelaciones, ha habido una iglesia temprana en Éfeso, Turquía. La palabra 'Éfeso' se menciona diecisiete veces en el Nuevo Testamento. Iglesia en Éfeso es conocida también como Doble Iglesia porque se cree que una nave lateral era dedicada a la Virgen y la otra a San Juan. Además, es una de las Iglesias del Consejo porque se piensa que el Consejo de Éfeso tuvo lugar aquí en 431. Después de 654 el obispo de Éfeso fue trasladado a la Basílica de San Juan ubicada cerca de Éfeso y permaneció allí por dos siglos hasta ser atacado en 867. Los Paulicianos, una agrupación militante de Armenia, convirtieron la Basílica de San Juan en un establo y el obispo regresó a la Iglesia de María, que fue reparada y parcialmente restaurada con ese propósito.
La historia posterior de la Iglesia de Éfeso no es clara, dado que la ciudad de Éfeso estuvo en un fuerte descenso. Pero tumbas selladas han sido descubiertas dentro y fuera de la iglesia que se remontan hasta el período medieval tardío, indicando que la iglesia todavía estaba en uso por los Cristianos locales hasta al menos el siglo XIV.